In den „Notitia Arnonis“ (ein Verzeichnis aller Kirchen des „Salzburggaus“) aus dem Jahr 790 wurde noch keine Kirche in Lamprechtshausen erwähnt.
1119 erfolgte die erste urkundliche Nennung der „Martinskirche“. Der Bau der Kirche erfolgte vermutlich wesentlich früher.
Der älteste Teil der Pfarrkirche ist der Turm aus der Zeit der ersten Jahrhundertwende.
1538-41 wurde die Pfarrkirche neu gebaut, als spätgotische Kirche mit Sterngewölbe. Der romanische Turm blieb bestehen, wurde erhöht und es entstand der heutige Treppengiebel.
1905 erfolgte eine neuerliche Erweiterung, ein großer neuer Hauptteil wurde dazugebaut. Wegen der rasch ansteigenden Bevölkerungszahl war die Kirche zu klein geworden. Ein Großteil der sakralen Einrichtung konnte leider nicht erhalten werden.
Nach dem zweiten vatikanischen Konzil (1962-1965) wurde das Presbyterium umgestaltet und der Volksaltar errichtet.
1990 wurde die Sakristei in eine Taufkapelle, die dem hl. Wenzel geweiht wurde, umgestaltet, was bei späteren Baumaßnahmen wieder rückgängig gemacht wurde.
2004 erhielt die Pfarrkirche eine neue Orgel, die vom Salzburger Orgelbaumeister Fritz Mertel gebaut wurde. Dabei wurden die Empore und die Zwischendecke des gesamten Kirchenschiffes saniert.
2006-2010 erfolgte eine umfangreiche Renovierung des Turms und der Außenfassade, sowie eine neuerliche Umgestaltung der Sakristei.
2009 musste zusätzlich wegen des schweren Hagels das Dach großflächig erneuert werden.